عباس میرزاپور آبی‌بگلو؛ نعمت هدایت؛ رضا خلخالی ایوریق؛ رضا سید شریفی
دوره 26، شماره 1 ، فروردین 1403، ، صفحه 1-13
چکیده
به‌دلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشم‌گیری برخوردار هستند. به‌نظر می‌رسد تفاوت‌های اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی نشانه‌های انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم می‌باشد. به این منظور، ...
بیشتر
به‌دلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشم‌گیری برخوردار هستند. به‌نظر می‌رسد تفاوت‌های اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی نشانه‌های انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم می‌باشد. به این منظور، از داده‌های توالی‌یابی‌شده کل ژنوم گوسفندان ایرانی و غیرایرانی موجود در پایگاه داده‌ای NCBI استفاده گردید. این توالی‌ها، پس از سنجش و پالایش کیفی، به ژنوم مرجع گوسفند هم‌طراز شدند. پس از شناسایی تنوع‌های ژنومی، برای شناسایی نواحی تحت انتخاب مثبت در ژنوم گوسفندان ایرانی، از دو روش Fst و XP-EHH استفاده شد. پس از استخراج ژن‌های موجود در نواحی تحت انتخاب، با استفاده از نرم‌افزار BEDtools و فایل GTF مرتبط با ژنوم گوسفند، شرح‌نویسی عملکردی این ژن‌ها با استفاده از آنالیز هستی‌شناسی ژن صورت پذیرفت. براساس نتایج به‌دست‌آمده، به‌ترتیب 907 و 311 ژن کدکننده پروتئین توسط روش‌های Fst و XP-EHH شناسایی شدند که تعداد 29 ژن بین این دو روش مشترک بودند. ارزیابی‌های بیشتر نشان داد که تعدادی از این ژن‌ها، در صفات مرتبط با بهبود کیفیت چربی شیر (PCCB)، باروری (SPATA5، RAB35 و DICER1)، رشدونمو ماهیچه‌ای (NF1، AKAP6 و HDAC9)، وزن بدن (FBXL3، GRID2 و ADAMTS17)، سازگاری به نواحی سخت بیابانی و کوهستانی (BMPR2 و NF1) و شیر (EXOC6B) دخیل هستند. نتایج نشان داد که گوسفندان ایرانی احتمالاً برای سازگاری به مناطق خشک بیابانی و ارتقای کیفیت گوشت و شیر موردانتخاب قرار گرفته‌اند.